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「サイト単位」のタブは、たとえばhttps://example.com/page1とhttps://example.com/page2をひとつに束ねてhttps://example.com/として集計したものです。もう一方の「URL個別」は束ねずに集計したものです。
ただしサイトによってはhttps://subdomain.example.com/や、https://example.com/dir/といった単位で束ねた方が好ましいケースもあります。この場合は歯車のアイコンをタップして束ね方を変更できます。
クリック先はサイト内のリンクタグの<a href="(ここ)">がクリックされた回数をカウントしたものです。言い換えるとリンクタグではなく、例えばJavaScriptによって発生させられたページ遷移などは、クリック先として解析することはできません。
アフィリエイト広告のクリックは基本的には解析できません。なぜならそれらの多くは<iframe>タグの中に描画されているためです。この中でのビジターの挙動は外部サイトでのものとして扱われるため、セキュリティ上の理由から観測は許可されません。
サイト外のURLだけでなく、サイト内のURLがクリック先として記録されることがあります。
これはジャンプした先のページに解析タグが設置されていなかった場合や、ジャンプ先のページが正常に開かなかった場合に起こります。また画像ファイルや.zipファイルのようなダウンロードコンテンツへのリンクでも発生します。